El origen moderno de Los Barrios se suele situar en el año 1704, tras la caída de Gibraltar en manos inglesas. Sin embargo, las investigaciones históricas más recientes han puesto de manifiesto que ya existían algunos pequeños núcleos de población en lo que hoy es su término desde las primeras décadas del siglo XVII y es posible que incluso mucho antes, dado que esta zona estuvo notablemente poblada desde tiempos de la dominación musulmana y acogió distritos de lo que fuera la provincia califal (cora) y luego reino de taifa de Algeciras.

De hecho, el nombre de “Los Barrios” (o “Dos Barrios”) aparece por primera vez en un documento del siglo XV, el de la donación de los restos de lo que fuera una alcaría musulmana por parte del duque de Medina Sidonia a su criado Martín de Bocanegra.

En 1704, existía en este lugar un cortijo, llamado de “Tinoco”, propiedad del chantre de la Catedral de Cádiz, D. Juan Felipe García de Ariño. En este cortijo había una ermita bajo la advocación de San Isidro Labrador y en torno a ella comenzaron a agruparse los refugiados gibraltareños, que, tras el permiso y el apoyo del dueño de la finca, comenzaron a edificar chozas y casas en las cercanías del cortijo primero, y más tarde en la colina opuesta, separada de esta por una vaguada por la que circulaba el arroyo del Junco.

Este aporte poblacional, junto a los vecinos existentes en la zona con anterioridad y la llegada de inmigrantes de otros lugares, supusieron el necesario impulso para que se formara en Los Barrios un núcleo de población importante.

Por tanto, aunque ya existiera poblamiento en el solar del pueblo con anterioridad, el año 1704 es uno de los hitos más notables de la historia barreña, y la llegada de los exiliados gibraltareños supuso el impulso definitivo para el nacimiento de una nueva población, refrendada por Felipe V en el año 1716 y reconocida posteriormente con su total independencia de San Roque en el año 1756, cuando se dividieron los términos municipales de San Roque, Algeciras y Los Barrios, las tres nuevas poblaciones surgidas tras la pérdida de la plaza gibraltareña.
Más tarde, en el siglo XIX, concretamente en 1854, durante el reinado de Isabel II, se le otorgó a Los Barrios el título de Villa.